Το NTFS είναι νεώτερο του FAT32, άρα έχει και πολλά πλεονεκτήματα.

1) Permissions / Δικαιώματα, κάθε χρήστης έχει ξεχωριστά δικαιώματα (εγγραφή/ανάγνωση κλπ.) στα αρχεία.
2) Ασφάλεια, λόγω του παραπάνω
3) Καλύτερη διαχείριση του ελεύθερου χώρου, ιδιαίτερα σε μεγάλα κομμάτια δίσκου (partitions).
4) Υποστηρίζει συμπίεση αρχείων
5) Επιτρέπει τη δημιουργία μεγαλύτερων (σε χωρητικότητα) partitions.
6) Καλύτερη διαχείριση του fragmentation (κατακερματισμού)
6) Το σημαντικότερο όλων, υποστηρίζει αρχεία μεγαλύτερα των 4 GBytes, που είναι ο περιορισμός στο FAT32