Μικροσκόπιο είναι το όργανο που επιτρέπει την παρατήρηση μικροσκοπικών αντικειμένων. Η εφεύρεση του πρώτου σύνθετου μικροσκοπίου έχει αποδοθεί στους Ολλανδούς Χανς Γιάνσεν, Ζακαρίας Γιάνσεν και Χανς Λιπερσέι[1][2]. Το 17ο αιώνα χρησιμοποιήθηκε συστηματικά από τον φυσικό φιλόσοφο Ρόμπερτ Χουκ, ο οποίος δημοσίευσε το έργο Micrographia (1965), με εικόνες γνωστών αντικειμένων και εντόμων σε μικροσκοπική κλίμακα. Τα μικροσκόπια επέδρασαν σημαντικά στην ιστορία της βιολογίας, τουλάχιστον την εποχή που άρχισαν να χρησιμοποιούνται και συντέλεσαν στην ανακάλυψη των μικροβίων καθυστερώντας έτσι την κατάρριψη της θεωρίας της αυτόματης γέννησης.

Τα πρώτα μικροσκόπια ήταν οπτικά, δηλαδή συνδύαζαν διαφόρων ειδών φακούς για μεγέθυνση, αποτελώντας ουσιαστικά άμεση εξέλιξη των μεγεθυντικών φακών. Τον 20ό αιώνα εμφανίστηκαν και τα ηλεκτρονικά μικροσκόπια και αργότερα τα μικροσκόπια ηλεκτρονικής σάρωσης, που μπορούν να υπολογίσουν και να οπτικοποιήσουν το βάθος.

Τα οπτικά μικροσκόπια έχουν μέγιστη μεγέθυνση 1600Χ. Την μέγιστη μεγέθυνση την επιτυγχάνουν με την χρήση ειδικού ελαίου με κατάλληλο δείκτη διάθλασης, το κεδρέλαιο, που παρεμβάλλεται ανάμεσα στον φακό και την πλάκα του αντικειμένου.